（一）内设机构
根据上述职责，南海区工商行政管理局设9个股（室）：
1．办公室（加挂信息中心牌子）
组织协调机关日常工作；负责机关文电、机要、会议组织、档案、信息、新闻、信访、统计工作；承担综合性调研工作。
2．人事监察股
负责人事、社会保险等管理工作；指导基层建设和评选表彰工作；负责本系统的监察、纪检和行风建设、廉政建设工作；负责机关和直属单位党群、计生等工作。设督察队，与人事监察股合署办公，负责对工商行政管理机关及其工作人员依法履行职责、行使职权和遵守纪律等事项进行现场监督；受理人民群众来信、来访和来电中对有关行政效能和廉政勤政的举报、投诉；承办领导交办的需要督察的其他事项。
3．财务股
编制经费预算方案及审查决算方案；组织管理国有资产，监督管理下级工商行政管理部门及所属单位的财务活动。
4．法规股
承担行政处罚案件的核审、行政复议和行政诉讼案件的应诉工作；在组织开展工商行政管理执法监督和听证工作；组织工商行政管理法律、法规宣传培训；组织实施执法责任制，指导本系统法制工作。
5．登记注册股
负责登记管辖的内资企业的注册登记，按照授权办理外商投资企业及国（境）外企业常驻代表机构的登记注册；依照法规规定发布登记公告；协调有关职能部门，贯彻落实个体私营经济发展政策。
6．企业监督管理股
负责管辖范围内企业和其他经营单位经营行为的监督管理工作，组织查处违反企业登记管理法律、法规的行为，查处无照经营；负责本局登记注册企业和经营单位的年检、验照工作；组织实施企业年检和个体工商户验照工作；指导个体劳动者协会、私营企业协会工作。
7．经济检查股（与消费者权益保护股合署办公，并加挂打击传销办公室牌子）
监督检查市场经营主体的竞争行为和交易行为，组织查处市场中的垄断、不正当竞争、走私贩私、传销和变相传销及其他经济违法违章行为；组织、监督、协调本系统查处经济违法违章案件工作；组织查处严重侵犯消费者合法权益案件；组织监督流通领域商品质量；组织查处假冒伪劣商品等违法行为；指导消费者权益保护委员会和“12315”投诉举报中心的工作。
8．商标广告管理股
组织对商标和特殊标志的使用以及商标使用许可合同的监督管理；负责商标印制的监督管理工作；组织查处商标侵权、假冒等违法行为；依法负责广告经营资格登记工作，监督管理各类广告活动；依法查处虚假违法广告；指导广告行业组织的工作。
9．市场合同管理股
组织监督、管理各类市场和经纪人、经纪机构；组织指导对市场进行专项治理；指导协调工商分局市场巡查工作；组织开展评选表彰文明市场活动；组织实施合同行政监管，查处合同欺诈等违法行为；办理企业动产抵押物登记，监管拍卖行为。

（二）直属行政单位
1．南海区工商行政管理局经济检查大队。
依据国家有关法律法规，具体查处市场中的垄断、不正当竞争、走私贩私、经销假冒伪劣商品、传销等经济违法违章案件。
2．工商行政管理分局
设置桂城、平洲、大沥、盐步、黄岐、罗村、小塘、松岗、官窑、和顺、里水、金沙、丹灶、西樵、九江16个工商行政管理分局，名称规范为：南海区工商行政管理局××分局。
负责辖区范围内从事生产经营活动的个体工商户、个人独资、合伙企业的登记注册工作；监督检查辖区内经营单位和经营者的经营行为；依法组织各类市场经营秩序的规范管理；组织查处市场中的垄断、不正当竞争、走私贩私、传销和变相传销等违法违章行为；受理辖区内消费者投诉，组织查处严重侵犯消费者合法权益案件；组织实施辖区内企业、个体工商户的合同行政监管，组织动产抵押物的登记；查处利用合同进行违法活动的行为；对辖区内商标实施管理，查处商标假冒、侵权行为；监督管理辖区内广告发布和广告经营活动，负责户外广告的登记初审。