办公室
1、负责综合协调局机关工作；
2、负责综合性文件起草及重要会议和活动的组织；
3、负责文秘信息、调研、统计、保密、档案和后勤行政事务管理工作；
4、负责督查督办事项的综合协调工作；
5、负责办理人大议案、政协提案的有关工作；
6、负责消防安全管理以及机关内保工作；
7、负责交通信息系统建设的组织协调管理工作。
8、负责交通法制工作

组织人事科
1、负责局及属下事业单位的党务工作，承办党务的日常事务。
2、负责纪检、监察、信访、党风廉政建设、交通行风建设等工作。
3、负责宣传、教育、培训、人事、机构编制、劳动工资、职称、社会保险、离退休人员管理、工、青、妇、计划生育、精神文明等工作。

规划建设科
1、根据《公路法》，负责编制我区交通发展建设总体规划和专项拓展计划；落实南海区“五纵四横”公路网络规划。
2、对建设单位的项目报建进行审查，对从事公路工程的勘察设计、施工、监理、咨询单位的资信进行审查登记。
3、做好路桥、港口建设项目的审核和上报、审查设计图纸及项目规模是否符合规划要求。签署建设单位上报的《公路工程项目报建表》和《公路工程开工报告》，并送上级有关部门批准或备案。
4、做好我区路桥、港口等交通工程的招标投标管理工作。
5、协调经我区的高速公路、国道、省道、铁路等交通干线的建设与地方的关系。平衡南海区公路网络布局，联络各镇、街道办事处规划部门，促使各镇、街道办事处乡道路网适应市干道的要求，以利衔接和分流干线车辆。支持本市边远贫困地区发展交通。
6、审核路桥、港口建设年度技术改造、基建计划，汇总基建进度表。
7、按照水路交通运输发展的需要，会同航道管理部门和航务科，规划港口码头的位置和范围，并根据港口陆上运输的需要，规划路桥衔接工作。
8、会同航务科协调和审查各镇的港口、码头规划，使之适合我区港口码头的发展需要。
9、协助有关部门，做好汽车站场的规划工作。

港航管理科
1、贯彻执行水路运输管理和港口行政管理的政策、法律、法规；
2、负责辖区内水路运政、港口行政管理，维护水运和港口行业平等竞争秩序；
3、负责水路运输、水路运输服务及境外航商代表机构等的行业管理；
4、负责对港口建设、港口岸线布局等实施行业管理；
5、负责港口公用基础设施的建设和维护；
6、实施水运和港口行业的安全生产管理工作；
7、对水路运输人员、港口从业人员进行管理；
8、负责协助组织征收和管理水路运输管理费和港口管理费等相关规费；
9、负责协调组织和实施重点物资、军事、抢险救灾等紧急客货水路运输和疏导工作；
10、负责水路运输和港口信息的汇总、统计和管理工作，发布水路运输和港口技术、经济信息；
11、参与辖区内港口码头规划的研究和项目的立项审查工作；
12、协助查处水路运输走私违法行为。

运输管理科
1、贯彻执行道路运输的政策、法规，编制南海道路运输行业的发展规划，监督管理道路运输市场；
2、负责搞好全区道路客货运输业、服务业、汽车和摩托车维修、搬运装卸等运输行业的调控、规划、布局、管理及其筹建、开业核准呈批、牌证管理、年检年审和违章经营的检查、监督工作，以及违章处罚的审核、呈批工作；
3、负责核发和管理道路运输行业的统一单据、证照，对运输市场的质量、经营行为、价格执行及使用证、照、牌、单票据等工作实施监督、检查，调解运输行业纠纷；
4、负责辖区内节假日旅客运输、重点货物运输、指令性抢险物资运输等的组织、协调和监督管理工作；
5、负责营运车辆技术管理和车辆综合性能检测站的行业管理工作；
6、指导监督维修经营者建立健全质量管理制度，对辖区内交管所和稽查队进行业务指导和监督检查；
7、协同有关部门做好交通运输行业、汽维行业安全的监督检查工作；
8、做好交通规费的征收管理工作，执行上级制定的收费标准和做好票证管理的监督检查；

财务审计科
1、负责区交通局、港航局及下属事业单位交通规费征收及使用计划的编制上报，并按计划实施资金的核算、审计、监督和检查；
2、负责专项拨款资金的核算、审计、监督和检查工作；
3、负责办理交通建设项目资金计划和审核上报工作，并跟踪落实；
4、负责交通局、港航局及直属事业单位的财务管理、会计核算和交通行业的内部审计工作；
5、负责对本区交通规费（含路桥通行费年次票）征收的协调、监督和检查工作；
6、负责制订交通局及所属事业单位财务管理办法，并监督执行。

交通管理总站（直属单位）
1、贯彻执行国家和上级交通主管部门有关公路运输的方针、政策、法规。
2、根据管理权限，审批公路客、货运输、搬运装卸、汽车摩托车维修和运输服务业的开业、停业申请，核发经营许可证。
3、负责运输区场管理，维护好道路运输区场秩序，对道路运输业的商务活动、营运证照、经营范围、服务质量、运输纪律及运价、票证等进行监督和检查，调解运输纠纷。
4、组织协调重点物资、大宗物资、重点港站集散物资的运输工作，做好战备、救灾、抢险等物资的运输组织工作。
5、做好旅客、货物流量、流向及运输业户的调查研究和预测，制订本区行业发展规划。
6、负责公路运输统一单证的发放、回收、管理。
7、掌握和提供公路运输经济情况，为上级制订发展规划和综合平衡工作提供依据。根据各单位报送的新增和更新车辆计划，按时向同级综合部门和上级交通主管部门提供新增更新车的需求信息。
8、建立各类台帐，负责各类统计数字的收集、整理和上报，做好各项基础工作。
9、组织指导兴办停车场地、站点、食宿服务设施，为旅客、货主、运输经营者及驾、乘、修人员提供服务条件。

地方公路站 （直属单位）
1、负责管理地方公路，协同乡镇编制地方公路建设规划；
2、负责辖区地方公路养护管理工作；
3、负责地方公路的路政管理工作；
4、负责全区摩托车、手扶机、三轮机动车养路费征收管理工作；
5、负责地方公路渡口管理工作；
6、依照《佛山市道路桥梁车辆通行费年（次）票征收管理暂行办法》负责摩托车路桥通行费年票的代征管理工作。

高等级公路管理总站 （直属单位）
承担南海交通建设集团收费公路的养护、安全、管理等职责，对收费公路进行路政执法，维护路产路权。

交通建设质量监理站 （直属单位）
根据有关规定，对南海辖区内的地方交通公路、桥梁、港口码头等的工程建设质量监督及公路质量检测、监理。

道路建设管理处 （直属单位）
负责加强东部板块路网建设和佛山四项重点交通工程建设管理和监督。

港航管理所 （直属单位）
1、贯彻执行国家、省、市有关水路运输和港口管理的法律、法规、规章和方针政策。
2、负责属内水路运输和港口的行业管理，维护港航业平等的竞争秩序。
3、对属内港口的岸线、陆域、水域实施统一的行政管理。
4、负责属内港航企业开业、停业、变更经营范围、运力增减等业务的呈报工作，协助做好有关证照的发放工作。
5、负责对属内水路辅助业（含船舶代理、货运代理及船舶修造业等）、境外航商代表机构等实施检查监督管理。
6、对属内港口、水路运输业和乡镇渡口的安全生产、环境保护等实施检查监督管理。
7、负责属内危险品码头的危货作业申报工作。
8、组织征收水路运输管理费、货物港务费等规费。
9、负责水路运输和港口信息的汇总、统计工作。
10、承办上级交办的其他事项。

佛山市南海区交通战备办公室 （挂靠机构）
1、贯彻执行国家国防交通工作的方针政策和法律、法规、规章，拟订我区有关国防交通网络布局和我区交通建设的国防要求；
2、拟订我区国防交通保障计划，组织国防交通保障队伍，为我区的军事行动和其他紧急任务组织交通保障；
3、负责我区国防运力动员和地方运力征用；
4、拟定和实施我区的国防交通物资储备计划，管理各类交通战备设施和储备物资器材；
5、指导检查、监督我区国防交通工作；
6、按照国家有关规定，执行调用国防交通物资的指令；
7、贯彻执行区“三防”指挥部下达的任务和落实好平时防范工作；
8、负责交通武装工作及抢险救灾等应急工作。